normalization - 分散分析の前にスケーリングしますか？

Question

発現差のある遺伝子を同定するための分散分析を行いたい。差次的に発現する遺伝子を探す前に、分位正規化または中央絶対偏差を使用してデータをスケーリングする必要がありますか、それともRMAを介して取得したデータに直接分散分析を適用する必要がありますか？

よろしくお願いします

Answer 1

バックグラウンド調整、要約、および分位正規化のステップが含まれているため、RMAの後にANOVAを適用できます（ここを参照）。非Affyデータの場合、ANOVAの前に、イルミナデータの対数変換/分位正規化またはVST（分散安定化変換）/ RSN（ロバストスプライン正規化）に沿ったものを使用できます。

すでに指摘したように、この質問に最適な場所はBioStarです。

ちなみに、RMAの後、ANOVAの前にデータに対してフィルタリングを実行して、分散の低いプローブセットを削除することもできます。Rで作業している場合は、genefilterを確認することをお勧めします。

Answer 2

常に、常に正規化してください。それ以外の場合、結果は単純に比較できません。使用する正規化手法は、使用しているマイクロアレイ技術に大きく依存します。

より詳細な回答については、Biostar Stack Exchange サイトを試してみてください。