アプリケーションを Spring Boot 1.5.14.RELEASE から 2.0.4.RELEASE に移行しています。問題がある場合は、Java 8 と Maven 3.5.4 を使用しています。ここで問題を再現する完全なプロジェクトを参照してください。
https://github.com/dmitrysenkovich/entity-manager-factory-test-example
spring-boot:run で実行したときに機能するかどうかはわかりませんが、それは問題ではありません。それでは、DaoTest を実行してください。次の結果が得られます。
BeanCurrentlyInCreationException: Error creating bean with name 'sessionFactory': Requested bean is currently in creation: Is there an unresolvable circular reference?
これは、 sessingFactory Bean を作成するために PersistenceTestConfig で必要な時点で、entityManagerFactory が作成中であることが原因です。Hibernate 5.2 の SessionFactory が EntityManagerFactory を拡張しているためのようです。しかし、正確な問題が何であるかはまだわかりません。
助けてくれてありがとう！