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私の問題

およびmcnemar.test _ _ ggplot2_ggalluvial

私のテストデータ:

df <- data.frame(timepoint=rep(0:2, each=10),response=c("A","A","A","A","A","A","A","A","B","B","A","A","A","A","A","A","A","B","B","B","A","B","B","B","B","B","A","A","B","B"),variable=rep(c("var1","var2"),each=5, 3), subject=rep(1:5,6))
df$timepoint <- factor(df$timepoint, level=c(1,0,2), labels=c("method_A","baseline","method_B"))

df %>% add_count(timepoint,variable,response) %>% add_count(timepoint,variable) %>% mutate(freq=n/nn*100) %>% mutate(total=1) -> df

私のプロット:

ggplot(df,
       aes(x = timepoint, stratum = response, alluvium = subject,
           y = total,
           fill = response, label = paste(freq,"%") )) +
  geom_flow() +
  geom_stratum(alpha = .5) +
  geom_text(stat = "stratum", size = 3) +
  theme(legend.position = "none") +
  facet_grid(.~variable)

私に与えます:

サンキーダイアグラム

私が取得しようとしているもの:

mcnemar.testここで、ベースラインと方法 A および B の間の従属比率を比較する (p 値など)の結果を示す括弧を追加したいと思います。

私が得ようとしていること

私は(http://www.sthda.com/english/articles/24-ggpubr-publication-ready-plots/76-add-p-values-and-significance-levels-to-ggplots/stat_compare_meansからのようなものについて考えました. ただし、平均を比較する方法のみをカバーしていますが、どのように比率を比較できますか? 私の実際のデータ セットは非常に大きいため、テスト結果を自動的に ggplot に追加する方法を見つけようとしています。ggpubrstat_compare_means

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