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以下は、fasta fileA の内容です。

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PLAARRPRRGKSLAGFESLACSFPVVSRGFLASRSARSLSSEGGTMPDNRQ
PRNRQPRIRSGNEPRSAPAMEPDGRGAWAHSRAALDRLEKLLRCSRCTNIL
REPVCLGGCEHIFCSNCVSDCIGTGCPVCYTPAWIQDLKINRQLDSMIQL

>2
PLWRPAVPDAGRARPVWSRWSAASLWFLKASLLPALRGAFHPKAGRCRIIGS
RGTGSRGSAPGTSLVPRPPWNRMVAVPGPTVAPRSTAWRSCCAARVVLTF*E
SLCV*EDVSTSSVVIV*VTALELDVQCVTPRPGYKT*R*ID

>3
TPPLWRPAVPDAGRAWPVSSRWPAASRWFPEASLLPALRGAFHPKAGRCRII
GSRGTGSRGSAPGTSLVPRPPWNRMVAVPGPTVAPRSTAWRSCCAARVVLTF

ここで、入力として fileA を取得し、1 と 2、次に 1-3 の間に存在するミスマッチを見つけ、それらの間のヌクレオチドの変化も見つける必要があります。これまでにプログラムを作成しましたが、fileA を入力として取りません。親切に助けて

私の問題は、ファイルAを入力として指定する必要があり、シーケンスには51ヌクレオチドごとに改行文字が含まれており、プログラムはミスマッチを見つけるために改行文字も考慮します。

プログラム：

$a=<>;$b=<>;
@mul=("$a","$b");

for($i=0;$i<scalar(@mul)-1;$i++) {
    $source=$mul[$i];
    print "\n\nComparision of source:  $mul[$i]\n";
    print "------------------------------------";
    for($j=$i+1;$j<scalar(@mul);$j++) {
        $sample=$mul[$j];
        print "\n$sample ";
        print "\n------\n";
        $t=mutate($source,$sample);
        print $t;
    }
}

sub mutate {
    my ($s1,$s2)=@_;
    $temp="";
    for($k=0;$k<length($s1);$k++) {
        $seq1=substr($s1,$k,1);
        $seq2=substr($s2,$k,1);
        if($seq1 ne $seq2) {
            $temp.="[$seq1($k)/$seq2($k)]";
        } 
    }
    return $temp;
}
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2 に答える 2

1

おそらく、行に 2 つの改行でマークされている段落を読みたいと思うでしょう。したがって：

use strict;
use warnings;
my(@a);

{
    # Limit the scope in which you reset the $/ variable
    local($/) = "\n\n";
    while (<>)
    {
         s/\n+//gm;  # Remove all newlines
         push @a, $_;
    }
}

# Now your array contains three items with no newlines - process away...
于 2011-03-07T07:59:10.423 に答える
0

私があなたの問題を正しく理解していれば、さまざまなファイルの結果を取得できるように、コマンドラインからファイルを読み取るためにできることは次のとおりです。ここでは、各行を読み取ってソース番号を取得し、chomp の後、各行を対応するソースに追加します。次に、任意の行を任意のソース コンテンツと比較できます。

my $file = $ARGV[0];
open (FILE, $file);
my $file_content;
my $src_indx = 0;
while (my $line = <FILE>){
    chomp $line;
    $line =~ s/^\s+//;


    if ($line =~ /^\>(\d+)/){
        $file_content->{$1} = '';
        $src_indx = $1;

    }else{
        $file_content->{$src_indx} .= $line;
    }
}

print "\n\nComparision of source:  1 and 2\n";
print "------------------------------------\n";
$t = mutate($file_content->{1},$file_content->{2});
print $t;

sub mutate {
    my ($s1,$s2)=@_;
    $temp="";
    for($k=0;$k<length($s1);$k++) {
        $seq1=substr($s1,$k,1);
        $seq2=substr($s2,$k,1);
        if($seq1 ne $seq2) {
            $temp.="[$seq1($k)/$seq2($k)]";
        } 
    }
    return $temp;
}

mutate 関数を変更していません。substr の代わりに正規表現または split を使用すると、mutate でもより適切に制御できます。

これがあなたが望むものではない場合はお知らせください。

于 2011-03-07T07:52:17.100 に答える