私は現在、Smith-Waterman アルゴリズムに取り組んでいます。ギャップ ペナルティを大きくすると、最終的な位置合わせで得られるギャップが少なくなることは理解していますが、最大ギャップ率 (検出された文字内のギャップのある文字の比率) を制御する方法についてアドバイスが必要ですか? 例えば：
最大ギャップ率: 50% シーケンス 1: ABBBBC シーケンス 2: ABC
最終アライメント: AB---C
検出された char の合計長である 6 から、最大 3 つのギャップのある char を同様のアライメントとして検出します。ありがとうございました。