Maxent を biomod2 に実行すると、次のエラーが発生しました。
Error in file(file, "rt") : cannot open the connection
さらに: 警告メッセージ:
1: running command 'java' had status 1
2: In file(file, "rt") :
cannot open file 'Sargassum.muticum.42.1.25.30/models/sstrange_sstmax_parmean_salinity/Sargassum.muticum.42.1.25.30_AllData_RUN1_MAXENT.Phillips_outputs/Sargassum.muticum.42.1.25.30_AllData_RUN1_Pred_swd.csv': No such file or directory
http://modata.ceoe.udel.edu/dev/dhaussee/class_rcode/r_pkgmanuals/MAXENT4R_directions.pdfの手順に従って Java パスを追加し、maxent.jar ディレクトリが作業ディレクトリにコピーされ、スペースはありませんパスで。
入力すると
file.exists("maxent.jar")
TRUE値を取得します。
これらは私のオプションです:
model <- biomod2::BIOMOD_Modeling(formatdata ,models=c("GLM","MAXENT.Phillips","RF","SRE") ,models.eval.meth=c('KAPPA', 'TSS', 'ROC') ,models.options = biomod_options('C:/Users/me/maxent.jar') ,SaveObj = TRUE,do.full.models = FALSE ,NbRunEval=1,DataSplitTable=dataSplitTable ,VarImport=3,modeling.id = gsub("BO_", "", paste0(layers, collapse= "_")))