SQLServerのインスタンス名は16文字に制限されています
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms143531(v=SQL.105).aspx
SQL Server 2000はオンラインでリストされていませんが、SQL Server 2000用にインストールしたBOLを見ると、16文字に制限されています。

編集
この画面を使用して、Microsoft®SQLServer™2000のインスタンスを追加および保守します。
オプション
デフォルト
選択すると、SQLServer2000のデフォルトインスタンスがインストールされます。[次へ]をクリックして、インストールプロセスを続行します。
クリアすると、SQLServer2000の名前付きインスタンスをインストールまたは維持できます。
注 このチェックボックスが有効になっていない場合、セットアップはこのコンピューター上のSQLServerのデフォルトインスタンスを検出しました。デフォルトのインスタンスは、SQL Server 6.5、SQL Serverバージョン7.0のインストールである場合もあれば、既にインストールされているSQLServer2000のデフォルトのインスタンスである場合もあります。SQL Serverのインストールは、どのバージョンでも、一度に1つだけデフォルトインスタンスにすることができます。詳細については、「SQLServerの複数のインスタンス」を参照してください。
インスタンス名
新しいインスタンス名、または維持するインスタンスの名前を入力します。インスタンス名のルールを確認し、それに従ってください。
重要 インスタンス名は10文字未満にすることをお勧めします。インスタンス名は、さまざまなSQLServerおよびシステムツールのユーザーインターフェイスに表示できます。短い名前の方が読みやすくなります。
**インスタンスの命名規則**
インスタンス名では大文字と小文字は区別されません。
インスタンス名をDefaultまたはMSSQLServerという用語にすることはできません。
インスタンス名はSQLServer識別子の規則に従う必要があり、予約キーワードにすることはできません。
インスタンス名は16文字に制限されています。
インスタンス名の最初の文字は、文字、アンパサンド(&)、アンダースコア(_)、または番号記号(#)である必要があります。使用可能な文字は、Unicode Standard 2.0で定義されている文字であり、他の言語の文字に加えて、ラテン文字azおよびAZが含まれています。
後続の文字は次のとおりです。
UnicodeStandard2.0で定義されている文字。
基本ラテン語またはその他の国のスクリプトからの10進数。
ドル記号($)、数字記号(#)、または下線(_)。
インスタンス名に埋め込みスペースや特殊文字を使用することはできません。バックスラッシュ()、コンマ(、)、コロン(:)、またはアットマーク(@)もありません。
警告 SQLServer2000のインスタンス名には、現在のMicrosoftWindows®コードページで有効な文字のみを使用できます。現在のコードページでサポートされていないUnicode文字を使用すると、エラーが発生します。