主成分をプロットしようとしています。次のコードを使用しています。私が直面している問題の 1 つは、変数のラベルが互いに近すぎることです。ggrepel を使用するとこの問題が解決することを読みました。
ここにサンプルデータがあります
EDIT1: 再現可能な出力を作成するための変更
set.seed(1)
dat <- data.frame(
Diet = sample(1:2),
Outcome1 = sample(1:10),
Outcome2 = sample(11:20),
Outcome3 = sample(21:30),
Response1 = sample(31:40),
Response2 = sample(41:50),
Response3 = sample(51:60)
)
ir.pca <- prcomp(dat[,3:5], center = TRUE, scale. = TRUE)
summary(ir.pca)
loadings <- ir.pca$rotation
scores <- ir.pca$x
correlations <- t(loadings)*ir.pca$sdev
plot(ir.pca, type = "l",main="")
ggbiplot(ir.pca, choices=c(1,2), obs.scale = 1, var.scale = 1)
dat2 <- as.data.frame(dat)
ggbiplot(ir.pca, choices=c(1,2), # creates a plot with ellipse
groups=dat2[,1],
obs.scale = 1,
var.scale = 1,
ellipse = TRUE)
ggplotで同じグラフをプロットするにはどうすればよいですか? ggrepelを使えるようにするには?