ここで何が起こっているのかよくわかりませんが、リポジトリ内の特定のファイルの名前の大文字と小文字が変わることがあります。例えば、:
前:File.h
後:file.h
なぜこれが起こっているのかはあまり気にしませんが、これにより git が新しいファイルであると認識し、ファイル名を元に戻す必要があります。gitに大文字と小文字の変更を無視させることはできますか?
[編集] 変更後にファイルを開いて保存するときに最も頻繁に発生するように見えるため、Visual Studio がその特定のファイルで奇妙なことをしていると思われます。VS のバグを修正する方法はありませんが、git の機能がもう少し向上することを願っています。