base-R プロットに cowplot を使用する場合は、現在の開発バージョンの cowplot を使用することを強くお勧めします。そのバージョンでは、画像コードを (~前に追加することにより) 式に変換するだけで機能します。
library(cowplot)
#>
#>
#> *******************************************************
#> Note: cowplot does not change the default ggplot2 theme
#> anymore. To recover the previous behavior, execute:
#> theme_set(theme_cowplot())
#> *******************************************************
# Plot sample image
image <- ~image(matrix(rnorm(1000), 100,100))
# Align plots
plot_grid(image, image)

reprex パッケージ(v0.2.1)により 2018-10-27 に作成