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次のように、cloudformation で cloud9 インスタンスを作成しています。

Resources:
  DevEnv:
    Type: 'AWS::Cloud9::EnvironmentEC2'
    Properties:
      SubnetId: !Ref PublicSubnet
      Name: MyEnvironment
      InstanceType: !Ref Cloud9InstanceType

その後、EC2 インスタンス (cloudformation スクリプト内) で bash スクリプトを実行して、適切にセットアップしたいと考えています。それ、どうやったら出来るの?

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