matlab - DICOM-RTファイルを読み取って3Dバイナリマトリックスを作成しますか？

Question

私は現在、DICOM-RTファイル（線量送達データおよび構造セットファイルとともにDICOMを含む）を使用しています。私は主に「構造セット」ファイル（つまりRTSS.dcm）に興味があります。このファイルには、関心のあるROIの等高線ポイントのセットが含まれています。特に、輪郭点は腫瘍体積を囲んでいます。たとえば、腫瘍には5つの輪郭のセットがあり、各輪郭は腫瘍のスライスを囲む点のセットです。

MatLabを使用してこれらの等高線を使用してバイナリ3Dマトリックス（0 =非腫瘍、1 =腫瘍）で腫瘍ボリュームを構築しようとしていますが、助けが必要です。

考えられるアプローチの1つは、各輪郭セットをバイナリスライスとして塗りつぶしてから、スライス間のボリュームを補間することです。これまで、塗りつぶしまたはパッチ機能を使用して各輪郭スライスのバイナリ断面を作成してきましたが、これらのバイナリスライスを3Dボリュームに補間する方法を理解するのに苦労しています。組み込み関数はどれもこの特定の問題に当てはまらないようです（おそらく私はそれらを間違って使用しているだけですか？）。1つの輪郭のエッジがすべての方向で隣接する輪郭に溶け込む必要があるため、単純な線形補間も適切ではないようです。

もう1つのオプションは、ポイントを取得してテッセレートすることです（最初にスライスを作成することはありません）。ただし、MatLabを腫瘍の表面のみにテッセレーションし、腫瘍の体積と交差させないようにする方法がわかりません。現在、腫瘍内に三角形が見つかっているようです。それを表面だけに収めることができれば、それをどのように取得してバイナリ3Dマトリックスボリュームに変換するのかわかりません。

ここで適用される可能性のある3Dスライス補間またはテッセレーション手法のいずれかの経験がある人はいますか？または、おそらく存在する関連ツールキットはありますか？私は立ち往生しています...:(

私は他の言語でのアプローチにもオープンです。MatLabが行列演算を少し簡単に処理できると思いましたが、私はC＃とPythonにある程度精通しています。

前もって感謝します！

Answer 1

どのプログラムからdicom-rt構造ファイルをエクスポートしているかはわかりませんが、Insightジャーナルのオープンソースソフトウェア（GDCM、CMake、ITK）ですでに説明されている、より洗練されたソリューションを見つけたと思います。記事。

私は私たちの物理学者の一人と同様の問題について話し合っていました、そして私たちはあなたの解決策を見ました。二値化しようとしている構造に凹みがない場合は問題ありませんが、そうである場合は、不正確にレンダリングされます。

このメソッドは、EclipseおよびMasterplanのdicom-rt構造セットに対して検証されています。それが役に立てば幸い。

http://www.midasjournal.org/download/viewpdf/701/4

Answer 2

別の投稿（ここ）で答えを見つけたと思います。定義された等高線の間の「欠落したスライス」を補間しようとするよりも、等高線ポイントを点群として扱い、凸包を見つける方がより効率的な方法である可能性があります。このメソッドは、私が求めていたバイナリ3Dボリュームを作成しました。

これが私が使用したコードです。DICOM-RTファイルを操作する必要がある人に役立つことを願っています。

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    function mask = DicomRT2BinaryVol(file)
    points = abs(getContourPoints(file));

    %%NOTE: The getContourPoints function simply reads the file using
    %%'dicominfo' method and organizes the contour points into an n-by-3
    %%matrix, each column being the X,Y,Z coordinates.

    DT = DelaunayTri(points);
    [X,Y,Z] = meshgrid(1:50,1:50,1:50);
    simplexIndex = pointLocation(DT, X(:), Y(:), Z(:));
    mask = ~isnan(simplexIndex);
    mask = reshape(mask,size(X));
    end

このメソッドは、上記のリンクで@gnoviceによって投稿されたメソッドのわずかに変更されたバージョンです。

Answer 3

iTkは、この種のもののための優れたライブラリです：http ://www.itk.org/ HTH