Matlabコードを、サーバーアプリケーションとして配置できるもの（可能であればJava）に変換しようとしています。Matlab 2008aをインストールし、matlabコンパイラランタイムをインストールしました（少なくとも、ディレクトリはそこにあります）。matlabコマンドラインからdeploytoolを実行することはできますが、新しいプロジェクトを開始しようとすると、Javaについて何もありません。
getenv JAVA_HOMEの結果は、「C：\ ProgramFiles \ Java\jdk1.6.0_16」です。matlabをインストールした後、この変数を自分で設定しました（接続されているかどうかはわかりません）。