公開された ASP.NET MVC 規則のおかげで、プロジェクトの構成よりも普遍的な規則の考え方をより詳しく調べています (「独自の」規則やさまざまな規則からの取得とは対照的です)。
ただし、たとえば、ASP.NET MVC プロジェクト (および Web フォーム プロジェクト)での ASHX ファイルの推奨される場所については、どちらかと言えばあまり見ません。
これらに推奨されるディレクトリ構造はありますか? おそらく、はるかに大きなディレクトリ構造が説明されている公開された仕様がありますか?
私の個人的な慣例は、これらを最上位のHandlersディレクトリ内に配置することですが、正直なところ、実際にこれを行う他のプロジェクトを個人的に見たことがありません。
何をするか (画像の生成など) によっては、これが Content ディレクトリに入る可能性があると主張できると思いますが、このディレクトリは一般に静的ファイルに使用されるようです。
(余談: MVC プロジェクトでは ASHX ファイルは必要ないと主張する人もいるかもしれませんが、ここに投稿された質問に基づいて、ASHX ファイルは MVC プロジェクトで依然としてその場所を持っているようです。)
編集: MVC プロジェクトは無視してください。一例として提案しているためです。では、Web フォームはどうでしょうか。