私は再現可能な研究の大ファンです。私はよく make、Sweave、LaTeX、および R を使用して大規模な調査レポート (つまり、大量のSexpr()コマンドと大量のグラフと表) を作成します。
明らかに、R CMD Sweaveコンパイル時に R コード チャンク内の特定のエラーを識別します。ただし、結果として得られる PDF には、依然として望ましくない結果が含まれる可能性があります。そのようなドキュメントを校正するためのいくつかの戦略がありますが、SO について他の人から学ぶことに興味がありました。
良い質問。人が直面する問題は、その人が行っている仕事に大きく依存します。私にとって、R 以外で最も一般的な問題は、スペルミス、計算ミス、式の間違いなどです。
私が見つけた最も信頼性が高く、プラットフォームに依存しない効率的なエラー検出戦略は、頻繁に PDF にエクスポートすることです。少し働きます。小切手。もう少し作業して、もう一度確認してください。はい、これは大規模なプロジェクトには適していません。ただし、cacheSweave などのツールが役に立ちます。要するに、あちこちで 2 時間作業してエラーが発生した場合、それを追跡するのは面白くありません。
大規模なプロジェクトでは、チャンク 287 (または何か) でエラーが発生した場合、少し時間を取って R コードを混乱させるのに役立ちます。コンテキストから、通常はエラーがどこにあるかを把握し、そこにすばやく移動できます。もう 1 つのオプションは、コード チャンクに名前を付けることです。
方程式/数学の問題については、インライン プレビュー付きのエディターが役立ちます。LyX にはこれがあり、AUCTeX にもあります。そうすれば、どこかでスラッシュやコンマを見逃した場合、プレビューが台無しになるため、すぐにわかります. これにより、数え切れないほどの時間を節約できました。
(Sweave によって生成された) 画像のインライン プレビューは、LyX には存在しませんが、Org-mode には存在します。同じ理由で、これは非常に強力なプラスです。
LyX は WYSIWYM であるため、最近は他の LaTeX エラーはありません。私なしでLaTeXを生成します。この点でも、オルグモードは優れています。AUCTeX と ESS には役立つツールがあり、問題ありません (Rstudio は似ています)。私はEclipseなどと遊んだことはありません。とても。
URL (またはテーブルなど) がページからはみ出しているなど、ログを調べないと気づきにくい問題もあります。頻繁にPDF。作業して確認します。別の目による査読を除けば、これが最良の方法です。
ちなみに、LyX は非 LaTeX マークアップを aspell でスペルチェックします。
「校正」を意味するときに何を探しているのか正確にはわかりませんが、LaTeXでは一般に\marginpar、将来の修正のために問題を指摘するために多くのステートメントを使用するとうまくいくことがわかります。もう1つの方法は、優れたPDFリーダーを使用して最終的なPDFにメモを入れることですが、再コンパイルするとメモが消えます。
Emacsを使用することで永続的な手の問題を抱えている私たちにとって（冗談ではありません！）、SweaveのGUIベースのオプションはEclipseです。Sweaveのワンクリックコンパイル用に設定でき、適切なコードの強調表示を行い、通常のIDE機能を備えています。Eclipseは、校正に役立つパッケージを介したスペルチェックも提供します。LaTeX部分のみを校正するようにスペルチェッカーを設定できるかどうかはわかりません。これは理想的です。
RStudioは、新しいが興味深いオプションでもあります。