私はGISの目的でRを使用することにかなり慣れていません。複数の次元 (x、y、z、値、時間) を持ついくつかの変数を含む netcdf ファイルがあります。これをラスターブリックに変えようとしています。データは非常に大きいため、指定された時間枠と z (深さ) からデータを取得する必要があります。これは問題ではなく、次のコードを使用して適切な次元の配列を抽出します。
library(ncdf4)
library(raster)
t <- ncvar_get(nc, "model_time")
t1<-ncvar_get(nc,"model_time_step")
tIdx<-t[t> 20120512 & t < 20120728]
tIdx2<-which(t> 20120512 & t < 20120728)
# Depths profiles < 6 meters
dIdx<-which(nc$dim$depthu$vals <6)
# ncdf dimension lengths
T3 <- nc$var[[7]]
varsize <- T3$varsize
# Define the data (depths,time,etc.) you wish to extract from the ncdf
start <- c(x = 1, y= 1,depthu=1, time_counter = min(tIdx2))
count <- c(x = max(varsize[1]), y = max(varsize[2]),depthu=1, time_counter =
max(tIdx2)-min(tIdx2)+1)
# order of the dimensions
dim.order <- sapply(nc$var$votemper$dim, function(x) x$name)
temp<-ncvar_get(nc,"votemper",start=start[dim.order],count=count[dim.order])
nc$var$votemper
私のデータの例 (深さ/z と時間の次元を削除)
temp<-structure(c(0,0,0,0,0,0,0,15.7088003158569,15.3642873764038,14.9720048904419,,15.9209365844727,14.9940872192383,15.0184164047241,15.0260219573975, 0,15.7754755020142, 15.424690246582, 15.6697931289673,15.6437339782715, 0,15.6151847839355, 15.5979156494141, 15.6487197875977,15.432520866394), .Dim = c(x = 5L, y = 5L))
ncdf から抽出された緯度と経度は不規則な間隔で、それぞれ 2 次元です (つまり、各セルの不規則な間隔の緯度と経度)。
lon<-structure(c(-71.2870483398438,-71.2038040161133,-71.1205596923828,-71.0373153686523, -70.9540710449219, -71.2887954711914, -71.2055587768555,-71.122314453125, -71.0390701293945,-70.9558258056641,-71.2905654907227,-71.2073211669922,-71.1240844726562,-71.0408401489258,-70.9576034545898,-71.292350769043,-71.209114074707, -71.1258773803711, -71.0426330566406,-70.9593963623047, -71.2941513061523, -71.2109222412109, -71.127685546875,-71.0444488525391, -70.9612045288086), .Dim = c(5L, 5L))
lat<-structure(c(38.5276718139648, 38.529125213623, 38.5305824279785,38.532039642334, 38.5334968566895, 38.5886116027832, 38.5900802612305,38.591552734375, 38.5930252075195, 38.5944976806641, 38.6494789123535,38.6509628295898, 38.6524467468262, 38.6539344787598, 38.6554222106934,38.7102699279785, 38.7117652893066, 38.713264465332, 38.7147674560547,38.7162704467773, 38.7709808349609, 38.7724952697754, 38.7740097045898,38.7755241394043, 38.777042388916), .Dim = c(5L, 5L))
通常、このデータからラスター ブリックを生成します。
Temp_brick <- brick(temp, xmn=min(lat), xmx=max(lat), ymn=min(lon), ymx=max(lon),transpose=T)
Temp_brick<-t(flip(Temp_brick,1))
ただし、これは不規則な間隔を考慮しておらず、ラスター セルの値が間違った位置 (経度、緯度) に配置されています。スタック オーバーフローやその他の GIS ヘルプ ソースを検索しましたが、解決策に関する同様の問題が見つからないか、適切な質問をしていません。これについてどうすればいいのか特にわかりません。netcdf からデータを抽出するときにこれを処理する必要があるのか、範囲を定義せずにラスター ブリックを作成した後に処理する必要があるのかは不明です。ラスターの経度を定義する方法を見つけようとしましたが、運がありませんでした。経度、緯度、値を 3 列のデータフレームに変換してから、raster::rasterFromXYZ 関数を使用してみました。これは、私が扱っているデータのサイズに対して十分に速く動作しません。
どんな助けでも大歓迎です