距離行列があり、2D 散布図としてプロットしたいと考えていました。
私はsklearn.manifoldを介して方法を見つけました:
mds = MDS(n_components=2, dissimilarity='precomputed')
X_r = mds.fit(jac_sim).embedding_
plt.figure()
plt.scatter(X_r[:,0],X_r[:,1],c="red")
plt.savefig((args.Directory + "/MDS2.svg"), format = "svg")
jac_sim が私の距離行列であり、次のようになります。
このコードにより、次のプロットが得られます。
距離行列から列またはインデックスの名前を付けて、プロット内のドットを Indiv 番号で色分けし、ラベルを付けることができるようにしたいと思います。X_r ファイルを確認しようとしましたが、散布図の座標のみが含まれており、原点の情報は含まれていません。
列/インデックス名で色分けするにはどうすればよいですか?