これはサンプルコードです:
$r = $coll->findOne();
$coll->remove(array("_id"=>$r["_id"])); // use the same object id as retreived from DB
$ret=$coll->findOne(array("_id"=>($r["_id"])));
var_dump($ret); // dumps the records that was supposed to be deleted
コレクション内のレコードには、文字列ではなく、MongoDB objectId があります。コンソールで同じロジックが正常に機能し、レコードが正しく削除されました。