ViewBox の ScaleTransform が問題を引き起こしています。テキストのピクセル スナップは Silverlight 5 で提供される予定ですが、すべての UI 要素についてはわかりません。
Dave Reyea のPixel Snapperを使用すると、この問題を回避できます。
<UserControl x:Class="SO_Viewbox.MainPage"
xmlns="http://schemas.microsoft.com/winfx/2006/xaml/presentation"
xmlns:x="http://schemas.microsoft.com/winfx/2006/xaml"
xmlns:d="http://schemas.microsoft.com/expression/blend/2008"
xmlns:mc="http://schemas.openxmlformats.org/markup-compatibility/2006"
mc:Ignorable="d"
d:DesignHeight="300" d:DesignWidth="400"
xmlns:local="clr-namespace:SO_Viewbox">
<Viewbox>
<Canvas Width="400" Height="400" Background="Yellow">
<local:Snapper Snap="TopLeft">
<Rectangle Width="200" Height="400" Fill="Blue" />
</local:Snapper>
<local:Snapper Canvas.Left="200" Snap="TopLeft">
<Rectangle Width="200" Height="400" Fill="Blue" />
</local:Snapper>
</Canvas>
</Viewbox>
</UserControl>
また、依存関係プロパティとして実装する方法も示しています。Viewbox を変更して問題を修正できればいいのですが、Viewbox の変換を変更するだけでは解決できないように思われます。代わりに、ピクセル スナッピングを、ビューボックス。