私はpythonとバイオインフォマティクスが初めてです。
最初に VCF ファイルをメモリにロードしてから pyvcf ライブラリで解析しようとしていますが、次のエラーが発生します:「IndexError: list index out of range*」答えが見つかりません。
ちなみに、コードは次のとおりです。
import mmap
import vcf
file_chr_mt_vcf = 'ALL.chrMT.phase3_callmom-v0_4.20130502.genotypes.vcf'
chr_mt = open(file_chr_mt_vcf, 'rb')
m = mmap.mmap(chr_mt.fileno(), 0, access = True)
chr_mt = vcf.Reader(m)
for i in chr_mt:
print i.is_snp
私は何をすべきか？これを行うより良い方法はありますか？
いくつかのタスクを実行するために何百行ものコードを記述したため、pyvcf ライブラリを変更して別のライブラリに移動することは不可能であることに注意してください。vcf ファイルをメモリにロードしてから、pyvcf でこれらのタスクを実行したいだけです。