O(n) 時間で各列の th 番目に大きい要素を返す関数qSelectMbycol
をコーディングしました。この機能は正常に動作します。同じことをしようとしても、列ではなく行で作業すると (関数)、エラーが返されます。私が間違っていることを考えている人はいますか?このファイルを " " として保存しました:Rcpp
k
qSelectMbyrow
"error: Mat::init(): requested size is not compatible with column vector layout"
qselect.cpp
// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]
#define RCPP_ARMADILLO_RETURN_COLVEC_AS_VECTOR
#include <RcppArmadillo.h>
using namespace arma;
// [[Rcpp::export]]
arma::vec qSelectMbycol(arma::mat& M, const int k) {
// ARGUMENTS
// M: matrix for which we want to find the k-th largest elements of each column
// k: k-th statistic to look up
arma::mat Y(M.memptr(), M.n_rows, M.n_cols);
// we apply over columns
int c = M.n_cols;
arma::vec out(c);
int i;
for (i = 0; i < c; i++) {
arma::vec y = Y.col(i);
std::nth_element(y.begin(), y.begin() + k - 1, y.end());
out(i) = y(k-1); // the k-th largest value of each column
}
return out;
}
// [[Rcpp::export]]
arma::vec qSelectMbyrow(arma::mat& M, const int k) {
// ARGUMENTS
// M: matrix for which we want to find the k-th largest elements of each row
// k: k-th statistic to look up
arma::mat Y(M.memptr(), M.n_rows, M.n_cols);
// we apply over rows
int r = M.n_rows;
arma::vec out(r);
int i;
for (i = 0; i < r; i++) {
arma::vec y = Y.row(i); // this line throws the error "error: Mat::init(): requested size is not compatible with column vector layout"
std::nth_element(y.begin(), y.begin() + k - 1, y.end());
out(i) = y(k-1); // should give k-th largest value of each row
}
return out;
}
例:
n=500
p=100
set.seed(1)
M=matrix(rnorm(n, mean = 100, sd = 1),n,1)
library(Rcpp)
library(RcppArmadillo)
Rcpp::sourceCpp('qselect.cpp')
qSelectMbycol(M,5) # works OK
qSelectMbyrow(M,5) # throws error "error: Mat::init(): requested size is not compatible with column vector layout"
私も入れてみました
typedef std::vector<double> stdvec;
y
そして、ライン設定ベクトルを次のように置き換えます
arma::vec y = arma::conv_to<stdvec>::from(Y.row(i));
私のqSelectMbyrow
関数では、関数は実行されますが、列に適用する場合と比較して実行が遅く、100回実行するとRセッションもクラッシュします。