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次のスクリプトを使用して、Allen Brain Atlas の神経伝達物質研究からすべての画像をダウンロードしています。


from allensdk.api.queries.image_download_api import ImageDownloadApi
from allensdk.config.manifest import Manifest
import pandas as pd
import os


#getting transmitter study
#product id from http://api.brain-map.org/api/v2/data/query.json?criteria=model::Product

nt_datasets = image_api.get_section_data_sets_by_product([27])

#an instance of Image Api for downloading
image_api = ImageDownloadApi()


for index, row in df_nt.iterrows(): 
    #get section dataset id
    section_dataset_id= row['id']

    #each section dataset id has multiple image sections    
    section_images = pd.DataFrame( 
        image_api.section_image_query(
        section_data_set_id=section_dataset_id)
    )

    for section_image_id in section_images['id'].tolist():
        file_path = os.path.join('/path/to/save/dir/', 
                                 str(section_image_id) + '.jpg' )
        Manifest.safe_make_parent_dirs(file_path)
        image_api.download_section_image(section_image_id, 
                                         file_path=file_path,
                                         downsample=downsample)

このスクリプトは、おそらくすべての利用可能な ISH 実験をダウンロードします。ただし、次のように、より多くのメタデータを取得するための最良の方法は何だろうと思っています。

1) 「遺伝子」として知られるISH 実験の種類(たとえば、画像が MBP 染色、ニッスル染色などであるかどうか)。下の赤丸で示しています。

画像1

2) 構造とアトラス画像への対応(注釈、たとえば、セクションが脳のどの部分に属しているかを確認するため)。これはで取得できると思いますが、tree_search方法がわかりません。Allen Web サイトの 2 つの異なる Web ページから下の赤い円で示されています。

画像2

3) 画像のスケール。たとえば、ダウンロードした画像の 1 ピクセルの大きさ (0.001x0.001 mm など)。たとえば、MRIに関する画像分析にはこれが必要です。以下、赤丸で示します。

画像3

上記の情報はすべてウェブサイトで何らかの方法で入手できます。私の質問は、 SDKを介してプログラムでこれを行うのを手伝ってくれるかどうかです。

編集：

また、上記のループ反復を使用しても表示されないため、「Nissl」染色をプログラムでダウンロードすることをお勧めします。写真を以下に示します。

ここに画像の説明を入力

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