ここや他の場所で示されている例を使用しましたが、このコード例がめちゃくちゃになっている場所がいくつあるかを見るのは本当にイライラします。答えは簡単です。IE には [if IE] のような特別な「条件」がありますが、他のブラウザでは「条件」を操作するためにコメントが必要です。
たとえば、JQuery 2 は IE8 では動作しないため、次のようにすることができます。
<!--[if IE ]> (following is only visible to IE)
<script src="./js/lib/jquery-1.6.1.min.js"></script>
<![endif]-->
<!--[if !IE]>--> (extra comment - only visible to non-IE)
<script src="./js/lib/jquery-2.1.1.min.js"></script>
<script src="./js/lib/jquery.mobile-1.4.5.min.js"></script>
<!--<![endif]-->
Firefox、Chrome、IE8、Dolphin モバイル、Chrome モバイルで上記の動作を確認しました。バージョンも指定できます。たとえば、IE 9 未満は次のようになります。<!--[if lt IE 9 ]>
詳細な説明については、http://www.sitepoint.com/web-foundations/internet-explorer-conditional-comments/ をご覧ください。