r - サブセットパラメータを使用して古いggplot2コードを修正する方法

Question

このコード (以下) を実行して、いくつかのオルソファインダー データのゲイン/ロス ツリーを生成したいと考えています。私はgithubガイドに従っています https://github.com/guyleonard/orthomcl_tools

データをプロットするための最後の部分を除いて、これをすべてやり遂げました。

これを行う方法はたくさんあるggplot2と思いますが、サブセットパラメーターが存在しないようにこのコードを修正する方法を誰かが知っていれば、本当に役に立ちます。

これは私が得るエラーメッセージです：

警告: 不明なパラメータを無視しています: サブセット 警告: 不明なパラメータを無視しています: サブセット 警告: 不明なパラメータを無視しています: サブセット 警告: 不明なパラメータを無視しています: サブセット 警告: 不明なパラメータを無視しています: サブセット 警告メッセージ: 名前の標準化後の美学の重複: サイズ

その美学のエラーが私に悲しみを与えるかどうかはまだわかりRませんが、もう使用していないことはわかってsubsetいるので、それは間違いなく問題です.

library(ggplot2)
library(ggtree)

user_report <- read.csv("outfile.phy_newstyle_report.txt", sep = "\t", header=TRUE, as.is=1, row.names=NULL)

user_tree <- read.tree("tree_4code_internal_labels.tree")

user_p <- ggplot(user_tree, aes(x, y), ladderize=TRUE) + geom_tree() + 
           theme_tree() + 
           geom_tiplab(size=3, align=TRUE, color="purple", x=13) + 
           xlab("") + ylab("") + 
           geom_text(aes(label=Gain, x=branch), size=3, color="springgreen4", vjust=-0.6, subset=.(!isTip)) + 
           geom_text(aes(label=Gain), size=3, color="springgreen4", hjust=0, subset=.(isTip), x=13.5) + 
           geom_text(aes(label=Loss, x=branch), size=3, color="firebrick3", vjust=1.3, subset=.(!isTip)) + 
           geom_text(aes(label=Loss), size=3, color="firebrick3", hjust=0, subset=.(isTip), x=14) + 
           geom_text(aes(label=node), size=2, hjust=-1.5, subset=.(!isTip), color="grey") + 
           scale_x_continuous(expand = c(.1, .2))

user_p <- user_p %<+% user_report

print(user_p)