r - パッケージ Limma -コントラスト マトリックス微分表現

Question

私は limma を使用して遺伝子発現差を解析しています。モデリングには、デザインとコントラスト マトリックスが必要です。誰かがそれを経験したかどうか知りたいだけです。

発現が野生型 (WT) と変異体 (M) からのものであり、これらは刺激された (S) または刺激されていない (you) のいずれかであるとします。野生型の場合は 40 個の式の値があり、突然変異体の場合は 20 個あります。

したがって、どの遺伝子が野生型と比較して変異体で異なる反応をするかを知りたい場合、どの式を対比マトリックスに使用すればよいでしょうか:

Diff=(M.S-M.U)-(WT.S-M.U) or Diff=(M.S/20-M.U/20)-(WT.S/40-WT.U/40) 

Answer 1

野生型と比較して変異体で異なる応答をする遺伝子を決定するための対照は、次のようになります。

makeContrasts('WT - M')

ここでM、刺激された変異細胞と刺激されていない変異細胞の両方を指します。ただし、次のようなものが必要になると思われます。

makeContrasts('WT - M.S', 'WT- M.U')

これは、WT といずれかの変異細胞の間の変化を強調します。