RX: フィールドを含む SAM ファイルがあり、途中で-ieで区切られた 12 の塩基が含まれています。RX:Z:CTGTGC-TCGTAA
このフィールドからハイフンを削除したいのですが、読み取り名にハイフンが含まれているため、ファイル全体からすべてのハイフンを単純に削除することはできません。1713704_EP0004-T
主に試してみtr,ましたが、これはファイルからすべてのハイフンを削除するだけです.:
tr -d '"-' < sample.fq.unaln.umi.sam > sample.fq.unaln.umi.re.sam
入力は、次のような 10,000,000 行を超える大きな SAM ファイルです。
1902336-103-016_C1D1_1E-T:34 99 chr1 131341 36 146M = 131376 182 GGACAGGGAGTGTTGACCCTGGGCGGCCCCCTGGAGCCACCTGCCCTGAAAGCCCAGGGCCCGCAACCCCACACACTTTGGGGCTGGTGGAACCTGGTAAAAGCTCACCTCCCACCATGGAGGAGGAGCCCTGGGCCCCTCAGGGG NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN MC:Z:147M MD:Z:83T62cD:i:4 cE:f:0 PG:Z:bwa RG:Z:A MI:Z:34 NM:i:1 cM:i:3 MQ:i:36 UQ:i:45 AS:i:141 XS:i:136 RX:Z:CTGTGC-TCGTAA
目的の出力 (つまり、最後のフィールド)
1902336-103-016_C1D1_1E-T:34 99 chr1 131341 36 146M = 131376 182 GGACAGGGAGTGTTGACCCTGGGCGGCCCCCTGGAGCCACCTGCCCTGAAAGCCCAGGGCCCGCAACCCCACACACTTTGGGGCTGGTGGAACCTGGTAAAAGCTCACCTCCCACCATGGAGGAGGAGCCCTGGGCCCCTCAGGGG NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN MC:Z:147M MD:Z:83T62cD:i:4 cE:f:0 PG:Z:bwa RG:Z:A MI:Z:34 NM:i:1 cM:i:3 MQ:i:36 UQ:i:45 AS:i:141 XS:i:136 RX:Z:CTGTGCTCGTAA
この問題を解決するにはどうすればよいですか?