r - ExpressionSet のサブセット化

Question

ExpressionSetサブセット化したいオブジェクトがあります。例えば、

> str(ESet)
Formal class 'ExpressionSet' [package "Biobase"] ..
  ..@ assayData        :..         
  ..@ phenoData        :
  .. .. .. ..$ STATUS  : num [1:210] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
  ....

サブセットを抽出したいSTATUS==0. 私はもう試した：

exprs(ESet@phenoData$STATUS==0)

しかし、それは機能しません。

Answer 1

あなたはほとんどそこにいます。あなたのデータ構造を推測すると、次のように動作するはずです。

exprs(ESet)[ESet@phenoData$STATUS==0,]

この論文を見ると、ひずみと時間に応じてデータをサブセット化する例がたくさんあります。私はこの論文の著者であることを認めなければなりません。