見えますか？脳の下に小さな物体が広がっています。そして、それらを取り除き、脳全体をきれいにしたいと考えています。
Numpy では 3D 画像を 3D 配列として表現できます。
以下は、2D 画像内の小さなオブジェクトを削除する方法です。
from skimage import morphology
img_size = img.shape[0] * img.shape[1]
new_img = morphology.remove_small_objects(img, img_size*0.1)