mclapply 関数で mclapply() を使用する関数を呼び出すと、Rscript myFuction.R --json=config.jsonメッセージが表示されて失敗する場合
スケジュールされたすべてのコアで、ユーザー コードでエラーが発生しました
ただし、RStudio 内でコードを実行すると、正常に動作します。RStudio AWS AMI で開発して RStudio でテストしており、RStudio AWS マシンの端末から Rscript を実行しており、RStudio と端末の環境は同じです。
Rscript で mclapply を実行するときに定義する必要がある mclapply またはその他の環境パラメーターに指定する必要がある可能性のある追加のパラメーターについて、誰か知っている人はいますか?
すべての mclapply() 引数を変更しようとしましたが成功しませんでした
ここに私の環境があります。
R version 3.5.1 (2018-07-02)
Platform: x86_64-conda_cos6-linux-gnu (64-bit)
Running under: Amazon Linux 2
Matrix products: default
BLAS/LAPACK: /anaconda3/envs/r35p27/lib/R/lib/libRblas.so
locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C
[3] LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
[7] LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C
[9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] stats4 parallel stats graphics grDevices utils datasets
[8] methods base
other attached packages:
[1] rlist_0.4.6.1 stringi_1.4.3
[3] stringr_1.3.1 seqinr_3.4-5
[5] rBLAST_0.99.2 ShortRead_1.40.0
[7] GenomicAlignments_1.18.1 SummarizedExperiment_1.12.0
[9] DelayedArray_0.8.0 matrixStats_0.54.0
[11] Biobase_2.42.0 Rsamtools_1.34.0
[13] GenomicRanges_1.34.0 GenomeInfoDb_1.18.1
[15] Biostrings_2.50.2 XVector_0.22.0
[17] IRanges_2.16.0 S4Vectors_0.20.1
[19] BiocParallel_1.16.6 BiocGenerics_0.28.0
[21] aws.s3_0.3.12 jsonlite_1.5
[23] configr_0.3.3 optparse_1.6.2
loaded via a namespace (and not attached):
[1] Rcpp_1.0.1 RColorBrewer_1.1-2 compiler_3.5.1
[4] base64enc_0.1-3 bitops_1.0-6 tools_3.5.1
[7] zlibbioc_1.28.0 digest_0.6.20 lattice_0.20-35
[10] Matrix_1.2-14 yaml_2.2.0 GenomeInfoDbData_1.2.1
[13] hwriter_1.3.2 httr_1.3.1 xml2_1.2.0
[16] ade4_1.7-13 grid_3.5.1 getopt_1.20.2
[19] data.table_1.12.2 glue_1.3.1 R6_2.2.2
[22] latticeExtra_0.6-28 magrittr_1.5 MASS_7.3-51.4
[25] aws.signature_0.5.0 ini_0.3.1 RCurl_1.95-4.12
[28] RcppTOML_0.1.6
これは「警告メッセージ」ですが、mclapply は終了します
Warning messages:
1: In mclapply(1:dim(this.split)[1], BLAST.loop, mc.preschedule = TRUE) :
all scheduled cores encountered errors in user code