python - multi-FASTA ファイル シーケンスのペアワイズ アラインメント

Question

次世代シーケンシングから得られた 10 000 以上の fasta 配列を含む multi-FASTA ファイルがあり、クラスタリング分析を実行するために、ファイル内の各配列に対して各配列のペアワイズ アラインメントを行い、すべての結果を同じ新しいファイルに保存したいと考えています。後。FASTA シーケンスの例と、Python でペアワイズ シーケンス アラインメントを実行するためのコードを以下に示します。

FASTA配列

>m180921_230442_42149_c101464342550000001823297908121882_s1_X0/538/ccs
AGAAGCCACTCATCCATCCAGGCAGGAAGACTCTTAGGATCCTGACTTTCTCCTGGTCCCCACATCCCCT
AAACCGAGGAAGGGGTCCAGCAGGGTCCGAGTCCCTGAAGCAAGGATTCTCCGTGGTCGTGTCCCCACAG

最初の行は、シーケンスの説明の要約が含まれているため、無視してください。

私のコード

    from Bio import pairwise2
    from Bio.pairwise2 import format_alignment

    X = "ACGGGT"
    Y = "ACG"

    #match score = 2, mismatch score = -1, gap opening = -5, gap extension = -2
    alignments = pairwise2.align.globalms(X, Y, 2, -1, -5, -2)

    for a in alignments:
        print(format_alignment(*a))

問題

コードシーケンスだけでなく、マルチ FASTA ファイル全体をループするように変更するにはどうすればよいでしょうか。また、必要に応じて結果を効率的に保存するにはどうすればよいですか。