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BCBio GFF パーサーを使用して GFF ファイルを解析しようとすると、次のエラーが発生します。誰でもこの問題を解決するのを手伝ってもらえますか?

トレースバック (最新の呼び出しが最後):

 File "gff_parse.py", line 6, in <module>
    for rec in GFF.parse(in_handle):
  File "build/bdist.linux-x86_64/egg/BCBio/GFF/GFFParser.py", line 709, in parse
  File "build/bdist.linux-x86_64/egg/BCBio/GFF/GFFParser.py", line 299, in parse_in_parts
  File "build/bdist.linux-x86_64/egg/BCBio/GFF/GFFParser.py", line 320, in parse_simple
  File "build/bdist.linux-x86_64/egg/BCBio/GFF/GFFParser.py", line 603, in _gff_process
  File "build/bdist.linux-x86_64/egg/BCBio/GFF/GFFParser.py", line 634, in _lines_to_out_info
  File "build/bdist.linux-x86_64/egg/BCBio/GFF/GFFParser.py", line 183, in _gff_line_map
ValueError: invalid literal for int() with base 10: 'New Start'

これが私のコードです：

from BCBio import GFF    
in_file = "infile.gff"    
in_handle = open(in_file)
for rec in GFF.parse(in_handle):
    print rec
in_handle.close()

ありがとうトゥリカ

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GFFファイルをどのように生成しましたか？少なくとも1つの無効な行が含まれているようです。4番目の列には、フィーチャの開始座標の整数が含まれている必要があります。エラーメッセージは、代わりに値「NewStart」が含まれていることを示しています。

GFF3仕様ページには有効なGFFの例がいくつかあり、オンラインバリデーターはこのようなフォーマットの問題のデバッグに役立ちます。

于 2011-04-21T10:28:16.317 に答える