複数の変数を持つ大きなデータセットがあります。双方向の ANOVA を実行し、Tukey HSD を使用してポストホック ペアワイズ多重比較を実行する必要があります。
最初の 25 エントリのデータの先頭は次のようになります。
> head(my_data2, 25 )
CellType variable value
1 Cell1 W1 18.780294
2 Cell1 W1 13.932397
3 Cell1 W1 20.877093
4 Cell1 W1 9.291295
5 Cell1 W1 10.939570
6 Cell1 W1 12.236713
7 Cell1 W1 13.810722
8 Cell1 W1 23.944473
9 Cell1 W1 17.355429
10 Cell1 W1 18.248215
11 Cell2 W1 17.988200
12 Cell2 W1 15.427909
13 Cell2 W1 21.839687
14 Cell2 W1 22.322325
15 Cell2 W1 12.535762
16 Cell2 W1 12.743278
17 Cell2 W1 15.007214
18 Cell2 W1 12.054787
19 Cell2 W1 15.639977
20 Cell2 W1 16.006960
21 Cell3 W1 17.452199
22 Cell3 W1 23.280391
23 Cell3 W1 7.902728
24 Cell3 W1 8.353992
25 Cell3 W1 24.360250
ANOVAをしています
#ANOVA
my_data2$CellType <- as.factor(my_data2$CellType)
my_ANOVA = aov(value ~ CellType + variable + CellType:variable, data = my_data2)
summary(my_ANOVA)
そして事後
my_posthoc =TukeyHSD(my_ANOVA, which = "CellType:variable")
my_posthoc
これまでのところすべて問題ありませんが、ポストホックの出力にはすべてのペアワイズ比較が含まれており、2200 行を超える大量のプットが得られます。たとえば、私の出力は次のようになります。
> my_posthoc
Tukey multiple comparisons of means
95% family-wise confidence level
Fit: aov(formula = value ~ CellType + variable + CellType:variable, data = my_data2)
$`CellType:variable`
diff lwr upr p adj
Cell2:W1-Cell1:W1 0.21499 -29.46177884 29.8917588 1.0000000
Cell3:W1-Cell1:W1 0.88234 -28.79442884 30.5591088 1.0000000
Cell4:W1-Cell1:W1 1.24301 -28.43375884 30.9197788 1.0000000
Cell5:W1-Cell1:W1 1.61684 -28.05992884 31.2936088 1.0000000
Cell6:W1-Cell1:W1 0.65009 -29.02667884 30.3268588 1.0000000
Cell7:W1-Cell1:W1 1.08223 -28.59453884 30.7589988 1.0000000
Cell1:W2-Cell1:W1 9.00094 -20.67582884 38.6777088 1.0000000
Cell2:W2-Cell1:W1 27.62765 -2.04911884 57.3044188 0.1249342
Cell3:W2-Cell1:W1 29.40077 -0.27599884 59.0775388 0.0570151
Cell4:W2-Cell1:W1 28.84731 -0.82945884 58.5240788 0.0736530
Cell5:W2-Cell1:W1 42.51407 12.83730116 72.1908388 0.0000144
Cell6:W2-Cell1:W1 30.78610 1.10933116 60.4628688 0.0288235
Cell7:W2-Cell1:W1 27.62966 -2.04710884 57.3064288 0.1248307
Cell1:W3-Cell1:W1 20.95847 -8.71829884 50.6352388 0.7816085
Cell2:W3-Cell1:W1 42.50116 12.82439116 72.1779288 0.0000146
Cell3:W3-Cell1:W1 47.07037 17.39360116 76.7471388 0.0000004
Cell4:W3-Cell1:W1 47.26760 17.59083116 76.9443688 0.0000003
Cell5:W3-Cell1:W1 64.08026 34.40349116 93.7570288 0.0000000
Cell6:W3-Cell1:W1 53.90284 24.22607116 83.5796088 0.0000000
そして最後にこう言います。
[ reached getOption("max.print") -- omitted 2290 rows ]
ただし、各変数内の比較のみに関心があり、それらの間の比較には関心がありません。上記の出力の例として、必要なのは
Cell1:W1-Cell2:W1. すべて同じ変数内w1。またはたとえばCell6:W3-Cell1:W3。私は興味がないCell6:W3-Cell6:W1
これを指定するにはどうすればよいですか？ ありがとう