持続時間が2分39秒のwebmファイル（vp8コーデック）があります
ffmpeg -i video.webm を使用すると、ビデオに 15fps があると表示されます
nput #0, matroska,webm, from 'video.webm': メタデータ: エンコーダー: Lavf54.17.3 デュレーション: 00:02:39.63, 開始: 0.000000, ビットレート: 417 kb/s ストリーム #0:0: オーディオ: vorbis, 44100 Hz、ステレオ、fltp (デフォルト) ストリーム #0:1: ビデオ: vp8、yuv420p (プログレッシブ)、320x240、SAR 1:1 DAR 4:3、15 fps、15 tbr、1k tbn、1k tbc (デフォルト)
設定を同じフレームレートに変換してmp4コンテナに追加してみました
$ x264 --output intermediate.264 --fps 15 --preset slow --bitrate 400 --vbv-maxrate 800 --vbv-bufsize 1600 --min-keyint 48 --keyint 48 --scenecut 0 --no-scenecut --pass 1 --video-filter "resize:width=426,height=240" video.webm
$ MP4Box -add intermediate.264 -fps 15 out.mp4
しかし、生成されたファイル out.mp4 のデュレーションは 2m:57s になりました