r - ExpressionSet (ESet) エントリを NA で削除

Question

10 の表現型のうちの 1 つにエントリがない ESet からすべてのサンプルを除外しようとしています。

50 個のサンプルと 10 個の表現型を持つ ESet があります。サンプル A は Phenotype 1 で NA を持ち、Phenotype 3 でサンプル B を持っています。そのため、私の ESet で A と B を削除したいと思います。

試してみます: apply(ESest@pData@data,1,function(i){if(is.na(i)){???}}

申し訳ありませんが、わかりません;(

Answer 1

前回述べたように、正しいゲッター メソッドとセッター メソッドを使用して、必要なデータを取得してください。この場合、次のようになります。

ESet[rowSums(is.na(pData(ESet)))==0,]

pData()表現データを含むデータフレームを提供し、条件を使用して、pData データフレームのいずれかの行に NA が含まれているかどうかを確認します。