Visual Studio がパブリッシュ UI で参照コンテンツ ファイルを表示できない理由はまだわかりませんが、パブリッシュにこれらのファイルを強制的に含めるための回避策を見つけました。
この MSDN 記事で提案されているように、これをプロジェクト ファイルに入れます。
<ItemGroup>
<AdditionalPublishFile Include="$(OutputPath)\**\*.rpt">
<Visible>False</Visible>
</AdditionalPublishFile>
</ItemGroup>
<Target Name="BeforePublish">
<Touch Files="@(IntermediateAssembly)" />
<CreateItem Include="@(AdditionalPublishFile)" AdditionalMetadata="TargetPath=%(RecursiveDir)%(Filename)%(extension);IsDataFile=false">
<Output TaskParameter="Include" ItemName="_DeploymentManifestFiles" />
</CreateItem>
</Target>
状況によっては、これらの変更を有効にするために、(プロジェクトをリロードするだけでなく) Visual Studio を再起動する必要がある場合があることに注意してください。