私は以下を実行していますjob_script.sh
:
#!/bin/bash
singularity --debug run --app ${APP} \
--bind "vol/on/host":"vol/on/container" \
${IMG_DIR}/${IMG_NAME}
コマンドでsbatch
(長時間実行されるジョブです):
sbatch -p ${QUEUE} --qos=${QOS} --job-name ${JOB_NAME} -o ${JOB_NAME}.o%J -e ${JOB_NAME}.e%J job_script.sh
私が達成したいのは、次のスラームジョブで実行される実行中のコンテナでコマンドを実行することです:
$ squeue -u $USER
JOBID ARRAY_TASKPARTITION NAME USER STATE NODELIST(REASON) CPUS NODES TRES_PERSTART_TIME TIME
7988346 N/A defq rstudio myuser RUNNING nc023 1 1 N/A 2019-11-25T06:23:32 2:38:03