ファイルを nuget パケットの別のフォルダー (コンテンツではない) に配置し、.targets ファイルを nuget パケットに追加して、ビルド時にファイルをコピーすることができます。
MyProject.nuget ファイル:
...
<files>
<file src="bin\$configuration$\$id$.pdb" target="lib\net45"/>
<file src="C:\MyResourceFolder\**" target="resources"/>
<file src="MyProject.targets" target="build"/>
</files>
</package>
MyProject.targets ファイル:
<?xml version="1.0"?>
<Project ToolsVersion="4.0" xmlns="http://schemas.microsoft.com/developer/msbuild/2003">
<ItemGroup>
<None Include="$(MSBuildThisFileDirectory)\..\resources\**">
<Link>\Recources\%(RecursiveDir)\%(Filename)%(Extension)</Link>
<CopyToOutputDirectory>PreserveNewest</CopyToOutputDirectory>
</None>
</ItemGroup>
</Project>
最終的なアプリケーションをビルドすると、ファイルがビルド ターゲット フォルダーにコピーされます。