python - biopython でタンパク質配列の文字列ではなく、fasta ファイルを使用して複数の配列アラインメントを作成する方法

Question

スクリプトと同じディレクトリにダウンロードしたファイルを使用して、複数の配列アラインメントを記述できるようにしたいと考えています。ただし、Biopython Cookbook では、これを表示する唯一の方法は、ファイルをロードするのではなく、文字列を書き出すことです。後者ができるようになりたいです。The biopython cookbook の第 6.2 章で複数の配列アラインメントを作成する方法を次に示します。

from Bio.Seq import Seq
from Bio.SeqRecord import SeqRecord
from Bio.Align import MultipleSeqAlignment

align1 = MultipleSeqAlignment([
             SeqRecord(Seq("ACTGCTAGCTAG", generic_dna), id="Alpha"),
             SeqRecord(Seq("ACT-CTAGCTAG", generic_dna), id="Beta"),
             SeqRecord(Seq("ACTGCTAGDTAG", generic_dna), id="Gamma"),
         ])

目標は、すべてのタンパク質配列から門のツリーを作成するためにこれを使用することです。