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R のパッケージ topGO を使用して、次のコードで遺伝子濃縮を分析しました。 

sampleGOdata <- new("topGOdata", description = "Simple session", ontology = "BP",
                    allGenes = geneList, geneSel = topDiffGenes, nodeSize = 10, 
                    annot = annFUN.db, affyLib = affyLib)
resultFisher <- runTest(sampleGOdata, algorithm = "classic", statistic = "fisher")
allRes <- GenTable(sampleGOdata, classicFisher = resultFisher, orderBy = "fisher", 
                   ranksOf = "classicFisher",topNodes = 10)

RunTest機能や変更する機能を見て変更したいのですが、GenTable機能ResultTableの表示方法がわかりません。では、getAnywhere("GenTable")必要なハードコードが得られません。

getAnywhere("GenTable")

「GenTable」に一致する単一のオブジェクトが見つかりました

以下の場所で見つかりました

package:topGO

namespace:topGO

価値のある

function (object, ...)
standardGeneric("GenTable")
<environment: 0x16a30c10>
attr(,"generic")
[1] "GenTable"
attr(,"generic")attr(,"package")
[1] "topGO"
attr(,"package")
[1] "topGO"
attr(,"group")
list()
attr(,"valueClass")
character(0)
attr(,"signature")
[1] "object"
attr(,"default")
`NULL`
attr(,"skeleton")
function (object, ...)
stop("invalid call in method dispatch to \"GenTable\" (no default method)",
domain = NA)(object, ...)
attr(,"class")
[1] "standardGeneric"
attr(,"class")attr(,"package")
[1] "methods"

これどうやってするの？

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これは古い質問ですが、将来の検索者のために、次の関数もあります。

selectMethod

これは、継承を使用できるという点でgetMethodとは異なります。これが、複数のシグニチャを持つジェネリック関数のソースを見つけた方法です。

于 2012-04-06T14:26:02.410 に答える