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HDF5でSiloを使用していますが、h5pyで一部のメタデータにアクセスできません。かなり珍しいHDF5構造を吐き出し、DATATYPE内部にを配置しDATATYPEます。これがからの出力の抜粋ですh5dump：

DATATYPE "sigma_t" H5T_STD_I32LE;
   ATTRIBUTE "silo" {
      DATATYPE  H5T_COMPOUND {
         H5T_STRING {
            STRSIZE 5;
            STRPAD H5T_STR_NULLTERM;
            CSET H5T_CSET_ASCII;
            CTYPE H5T_C_S1;
         } "meshid";
         H5T_STRING {
            STRSIZE 15;
            STRPAD H5T_STR_NULLTERM;
            CSET H5T_CSET_ASCII;
            CTYPE H5T_C_S1;
         } "value0";
         H5T_STD_I32LE "ndims";
         H5T_STD_I32LE "nvals";
         H5T_STD_I32LE "nels";
         H5T_IEEE_F32LE "time";
         H5T_STD_I32LE "use_specmf";
         H5T_STD_I32LE "centering";
         H5T_ARRAY { [3] H5T_STD_I32LE } "dims";
         H5T_ARRAY { [3] H5T_STD_I32LE } "zones";
         H5T_ARRAY { [3] H5T_STD_I32LE } "min_index";
         H5T_ARRAY { [3] H5T_STD_I32LE } "max_index";
         H5T_ARRAY { [3] H5T_IEEE_F32LE } "align";
      }
      DATASPACE  SCALAR
      DATA {
      (0): {
            "mesh",
            "/.silo/#000004",
            2,
            1,
            100,
            0,
            -1000,
            111,
            [ 10, 10, 0 ],
            [ 9, 9, 0 ],
            [ 0, 0, 0 ],
            [ 9, 9, 0 ],
            [ 0.5, 0.5, 0 ]
         }
      }
   }
   ATTRIBUTE "silo_type" {
      DATATYPE  H5T_STD_I32LE
      DATASPACE  SCALAR
      DATA {
      (0): 501
      }
   }

基本的に、正しくフォーマットされたすべてのデータを含むが、データ型に関連付けられたラベルを含まないをf['sigma_t'].attrs['silo']返します。tuple（名前などを知る必要がありますmeshid）value0これを取得する方法はありますか？私は途方に暮れています。

サンプルファイルとスクリプト

HDF5ファイルには「sigma_t」フィールドが含まれており、実際のデータはに保存され/.silo/#000004ます。

脚本：

import h5py
f = h5py.File('xsn.silo', 'r')
print f['sigma_t'].attrs['silo']

結果：

('mesh', '/.silo/#000004', 2, 1, 100, 0.0, -1000, 111, array([10, 10,  0], dtype=int32), array([9, 9, 0], dtype=int32), array([0, 0, 0], dtype=int32), array([9, 9, 0], dtype=int32), array([ 0.5,  0.5,  0. ], dtype=float32))

私も欲しいのは次のようなものです：

('meshid','value0','ndims', ..., 'align')

これは可能ですか？

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h5pyのGoogleグループページから開発者から回答を得ました。これはh5py1.4で修正されるバグです。

私がやったことは：

import h5py
f = h5py.File('xsn.silo', 'r')
group = f['sigma_t']
attr_id = h5py.h5a.open(group.id, 'silo')
data = dict(zip(attr_id.dtype.names, group.attrs['silo'],))
于 2011-05-12T03:15:29.623 に答える
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セスに答えてくれてありがとう！あなたの答えは私を助けましたが、これはそれを少し簡単にするかもしれません

    #path of table that you want to look at              
    group = f[path]                    
         #checking attributes leads to FIELD_0_NAME or TITLE
         for attribute in group.attrs:
            #I only one the ones that end with name
            if attribute.endswith('NAME'):
                #then I take the actual name (ex:TrialTime) instead of FIELD_0_NAME
                print group.attrs[attribute]
于 2014-11-04T08:06:17.217 に答える