まず、NetCDFが正しい選択であると確信していますか?大量のデータを読み込む必要があり、すでにNetCDFをサポートしている他のプログラムと対話する場合は、おそらくそれが最適です。大規模な多次元配列をサポートする、標準的で十分にサポートされているファイル形式はそれほど多くありません。ただし、C#からファイルを読み書きするだけの場合は、それほど適切な選択ではない可能性があります。
私は「クラシック」なNetCDFファイル形式の大ファンです。コンパクトで非常にシンプルですが、多くの一般的な種類の多次元の適切に構造化されたデータをサポートするのに十分な柔軟性があります。従来のNetCDF用の完全なパーサーを作成するのに1日しかかかりませんでした。また、従来のNetCDFファイルの整形式の特殊なケースを出力するプログラムを作成するのに1時間しかかかりませんでした。純粋なC#NetCDFライブラリを自分で実装することもできますが、それほど問題にはなりません。必要な機能だけを実装することから簡単に始めることができます。 これが仕様です。
残念ながら、NetCDF-4はデータ形式としてHDF-5を使用することを選択しました。それは多くの複雑さを追加し、別の言語で完全なNetCDFパーサーを書くことをはるかに難しくします。HDF-5は非常に汎用的であり、私の意見では、それは過剰に設計されていました-それはあまりにも多くの人々にとってあまりにも多くのものになろうとします。単体テストの作成に1か月を費やす予定がない限り、直接作業することはお勧めしません。C#のnetCDF-4 / HDF-5を使用する必要がある場合、唯一の現実的なオプションは、SWIGなどを使用してCライブラリをラップすることです。
NetCDF for PythonはCコードの単なるラッパーであるため、それほど役立つわけではないことに注意してください。ラップされたCライブラリを使用する場合は、Pythonを中間層として使用するのではなく、C#ラッパーを作成することもできます。