少なくとも5つの変数を使用して面積比例ベン図をプロットする必要があります。
Vennerableパッケージをインストールしようとしましたが、もう利用できません。Windowsビルドへのリンクが機能しません(ページが見つかりません)。
代替パッケージはありますか?
少なくとも5つの変数を使用して面積比例ベン図をプロットする必要があります。
Vennerableパッケージをインストールしようとしましたが、もう利用できません。Windowsビルドへのリンクが機能しません(ページが見つかりません)。
代替パッケージはありますか?
2007年に最後に更新されたソースファイルは、Sourceforgeからtar.gzファイルとしてダウンロードできます。
さらに良いことに、2009年に最後に更新された、より更新された(編集:および壊れた)ソースファイルは、SVNを使用してR-Forgeからチェックアウトできます。
svn checkout svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/vennerable
Rtoolsを使用して自分で構築できますか?Linux x86_64ビルドログは、ビネットに問題があり、ビルドが失敗し、ソースtar.gzとバイナリが使用できないことを示しています。おそらく、ビネットなしで自分で構築することはうまくいくでしょう。パッケージは19か月前に最後に更新されたため、現在は維持されていないようです。
編集
R-Forgeからの最新のリビジョンがパッケージを壊しているようです。機能に問題がありcompute.Venn()
、多くのテストが失敗します。x86_64アーキテクチャ用にSourceforgeからVenerable_1.1.1.1リビジョンをビルドしました。あなたはそれをダウンロードすることができます:
http://commondatastorage.googleapis.com/jthetzel-public/Vennerable_1.1.1.1.zip
私は実際にパッケージをテストしていませんが、Windows7のR2.13.0 x86_64に正常にインストールされ、ロードされます。さらに質問がある場合は、パッケージの作成者であるJonathanSwintonに電子メールを送信できます。DESCRIPTION
zipアーカイブ内のファイル。
ファイルを参照するためにすべての大文字が正しく使用されていることはまれであることに注意してください。このDESCRIPTION
ファイルは、おそらく歴史的な理由でそのように名付けられました(ただし、誰かが明確な説明を持っている場合は興味があります)。SOコミュニティの収縮期圧を特に上げるつもりがない限り、すべてのキャップの他のほとんどの使用法は一般的に眉をひそめます。
これに従ってください:
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("graph")
biocLite("RBGL")
biocLite("RColorBrewer")
biocLite("gtools")
biocLite("reshape"
install.packages("Vennerable", repos="http://R-Forge.R-project.org")
CRAN (Rパッケージの場所)を見ると、少なくとも2つの有望なパッケージ(VennDiagramとvenneuler)が明らかになりました。
Vennerable3.0が利用可能です。
たとえば、 install.packages( "Vennerable"、repos = "http://R-Forge.R-project.org")によってR内からダウンロードできます。
徹底的な検査により、これまでのベン図で利用可能なRパッケージよりも高性能なこのバイオインフォマティクスエンジンが実現します。ゲント大学のベルギーの作家LievenSterck (lieven.sterck@psb.vib-ugent.be)によってPerlで書かれています。
webtoolは、要求された図(入力が5セット以下で構成され、ベン図で使用可能なほとんどのRパッケージの機能をすでに超えている場合)を出力として生成するだけでなく、詳細な検査のために各交差グループに含まれる要素をリストしたテキストファイルも生成します。 。リストは、それ自体は幾何学的な図ではありませんが、5セットを超える比較でも生成できます。さらに、このWebツールは、一意のエントリを確認するために、データセットごとの要素の総数を表形式で出力します。
唯一欠けている機能:Vennerable Rパッケージの「Chow-Ruskey」と同等の加重オプションですが、いくつかの問題(上記のような不安定なインストール以外)に苦しんでいるようですが、オーバーラップのデータフレーム。Vennerable(および同じ同類の他のパッケージ)は、グループラベルと交差点ごとに含まれる要素に番号を付けた図のみを生成し、それらをリストしません。ベン図と交差点データは一般に、原理的には単純ですが、例を示すためだけに「マルチオミクス」生物学的データの範囲を説明するのに非常に役立ちます。