私の目標は、bcftools を使用して、fixref プラグインを使用して、データセット (vcf ファイル) 内の参照対立遺伝子が参照ゲノム (fasta ファイル) と一致することを確認することです。
コマンドラインで作業して、最初に次の環境を設定しました。
export BCFTOOLS_PLUGINS=/path/to/bcftools/plugins
不一致のあるテスト データセットには、次のコードが推奨されます。
bcftools +fixref test.bcf -Ob -o output.bcf -- -f ref.fa -m top
自分のファイルを使用してこのコードを実行すると (データは .bcf ではなく .vcf であることに注意してください)、次のエラーが発生します。
[main] Unrecognized command
単純に入力すると：
bcftools
使用できる 5 つのコマンド (view、index、cat、ld、ldpair) のみのリストを取得します。環境を設定しましたが、何らかの方法でアクティブ化する必要がありますか? コマンドを bash スクリプトで実行する必要がありますか?