有意性と微分表現に基づいて色付けされた火山プロットを作成したかった. Limma オブジェクトから R の toptable を使用してデータフレームを作成しました。調整された p 値と logfc に基づいて、データ フレームに色の列を追加しました。したがって、各遺伝子にも色が割り当てられ(「塗りつぶし」)、これらの色を使用してggplotを作成しました。
geom_point(mapping = aes(x= logFC, y= log10adj, colour = fill))+
geom_hline(yintercept=1.3, linetype="dashed", color = "red")+
geom_vline(xintercept=-1, linetype="dashed", colour= "blue")+
geom_vline(xintercept=1, linetype="dashed", colour= "blue")+
xlab("Log2 Fold Change")+
ylab("-Log10 Adjusted P-value")+
xlim(-3,3)+
theme_grey()
しかし、ggplot は適切に色付けされていません。
美学に形状を追加すると、エラーが発生します。
ggplot(voom_topt)+
geom_point(mapping = aes(x= logFC, y= log10adj, colour = fill, shape = 23))+
geom_hline(yintercept=1.3, linetype="dashed", color = "red")+
geom_vline(xintercept=-1, linetype="dashed", colour= "blue")+
geom_vline(xintercept=1, linetype="dashed", colour= "blue")+
xlab("Log2 Fold Change")+
ylab("-Log10 Adjusted P-value")+
xlim(-3,3)+
theme_grey()
rlang::last_error()
エラー:エラーが発生した場所を確認するために、連続変数をシェイプ Run にマップすることはできません。
これを解決する方法を知っている人はいますか? なぜこれがうまくいかないのかわかりません(Ps私はRにまったく慣れていません)
助けてくれてありがとう!!