maven-jaxb-schemagen-pluginによって作成されたXSDファイルのファイル名を制御する方法を理解できないようです。ドキュメントは少しまばらです。
<groupId>com.sun.tools.jxc.maven2</groupId>
<artifactId>maven-jaxb-schemagen-plugin</artifactId>
<version>1.2</version>
<configuration>
<project>${project}</project>
<destdir>${project.build.directory}/generated-resources/schemas</destdir>
<srcdir>${project.build.sourceDirectory}/my/jaxb/bean/package</srcdir>
<verbose>true</verbose>
</configuration>
常にschema1.xsdというファイルを作成しているようです