ここに簡単なデモがあります。Safari のみです。http://jsfiddle.net/2late2die/8AJnD/
パース スタイルを削除すると、すべてのチェックボックスが正常に表示されます。を使用-webkit-transform-style:preserve-3d
しても同じことが起こります (つまり、チェックボックスが消えます)。ラジオボックスにも適用されるようですが、入力要素には適用されません。
おそらくこれは Safari のバグですが、これに対する解決策がないことを確認したかっただけです。