まず、「バンドルに外部データ ファイル」はありません。バンドルは、アプリケーション バイナリといくつかの認証データなどであり、アプリがアップグレードされると置き換えられます。ただし、バンドルからアプリケーションのドキュメント ディレクトリに転送したデータ、または単にドキュメント ディレクトリに直接書き込んだデータは、アプリがアップグレードされても保持されます。
要するに：
アプリケーション バンドル全体が置き換えられます。
アプリケーションのドキュメント ディレクトリに保存されているデータは保持されます。