願わくば、私よりも経験豊富な人にとって比較的簡単なものになることを願っています!
次のコードを使用して Box-Cox 変換を実行しようとしています:
fit <- lm(ABOVEGROUND_BIO ~ TREATMENT * P_LEVEL, data = MYCORRHIZAL_VARIANCE)
bc <- boxcox(fit)
lambda<-with(bc, x[which.max(y)])
MYCORRHIZAL_VARIANCE$bc <- ((x^lambda)-1/lambda)
boxplot(bc ~ TREATMENT * P_LEVEL, data = MYCORRHIZAL_VARIANCE)
ただし、実行すると、次のエラー メッセージが表示されます。
Error: object 'x' not found. (on line 4)
コンテキストとして、これが私のデータセットの str です。
Classes ‘spec_tbl_df’, ‘tbl_df’, ‘tbl’ and 'data.frame': 24 obs. of 14 variables:
$ TREATMENT : Factor w/ 2 levels "Mycorrhizal",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
$ P_LEVEL : Factor w/ 2 levels "Low","High": 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 ...
$ REP : int 1 2 3 4 5 6 1 2 3 4 ...
$ ABOVEGROUND_BIO : num 7.5 6.8 5.3 6 6.7 7 12 12.7 12 10.2 ...
$ BELOWGROUND_BIO : num 3 2.4 2 4 2.7 3.6 7.9 8.8 9.5 9.2 ...
$ ROOT_SHOOT : num 0.4 0.35 0.38 0.67 0.4 0.51 0.66 0.69 0.79 0.9 ...
$ ROOT_SHOOT.log : num -0.916 -1.05 -0.968 -0.4 -0.916 ...
$ ABOVEGROUND_BIO.log : num 2.01 1.92 1.67 1.79 1.9 ...
$ ABOVEGROUND_BIO.sqrt : num 2.74 2.61 2.3 2.45 2.59 ...
$ ABOVEGROUND_BIO.cubert: num 1.96 1.89 1.74 1.82 1.89 ...
$ BELOWGROUND_BIO.log : num 1.099 0.875 0.693 1.386 0.993 ...
$ BELOWGROUND_BIO.sqrt : num 1.73 1.55 1.41 2 1.64 ...
$ BELOWGROUND_BIO.cubert: num 1.44 1.34 1.26 1.59 1.39 ...
$ TOTAL_BIO : num 10.5 9.2 7.3 10 9.4 10.6 19.9 21.5 21.5 19.4 ...
- attr(*, "spec")=
.. cols(
.. TREATMENT = col_factor(levels = c("Mycorrhizal", "Non-mycorrhizal"), ordered = FALSE, include_na = FALSE),
.. P_LEVEL = col_factor(levels = c("Low", "High"), ordered = FALSE, include_na = FALSE),
.. REP = col_integer(),
.. ABOVEGROUND_BIO = col_number(),
.. BELOWGROUND_BIO = col_number(),
.. ROOT_SHOOT = col_number()
.. )
MYCORRHIZAL_VARIANCE データセットに bc という名前の変数がないことは理解していますが、Box-Cox を実行する際に与えられた基本的な指示に従っているだけであり、'x' を実際に何と表示するべきかについて混乱していると思います。 「x」は3行目で定義されていると思いましたか？このエラーを修正する方法について何か提案はありますか?
前もって感謝します！