JavaScript 内に URL を記述する必要がありますが、 & 記号に & を記述すべきかどうかわかりません。
<script type="text/javascript">
<![CDATA[
var link = 'http://example.com/query?id=1' . '&ref=' . document.referrer;
]]></script>
または
<script type="text/javascript">
<![CDATA[
var link = 'http://example.com/query?id=1' . '&ref=' . document.referrer;
]]></script>