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したがって、リンクされたリストに DNA 文字 (A、G、T、C) のチェーンがあり、次のようなファイルから読み取ることになっています。

I[tab]  ATT\n
I[tab]  ATC\n (etc)
L   CTA
L   CTG
V   GTA
V   GTG
F   TTT
F   TTC
..

ここで、単一の文字は、3 つの a、t、g、c の組み合わせから得られるものです。(AGT で) 開始する必要がある場所から開始する方法を理解しましたが、文字列を読み取り、ファイルと比較して一致するものを確認する方法を定式化することはできません。これは私がこれまでに持っているものです:

#include<stdio.h>
#include<stdlib.h>
#include<string.h>

typedef struct node{
    char seq[300];
    struct node* next;
    } NODE;


int
main(int argc, char* argv[]){

    int i, j=0;
    FILE *fin, *fout, *fop;
    char code1[300], code2[300], prot;
    NODE *current, *first, *prev;

    fin = fopen( argv[1], "r");
    fout = fopen( argv[2], "w");
    fop = fopen("codeoflife.txt", "r");

    current = first = malloc (sizeof (NODE));

    while( fscanf( fin, "%s", current -> seq) != EOF) {

        for (i = 0; i < 300; i++){
            if (current->seq[i] == 'a')
                current->seq[i] = 'A';
            else if (current->seq[i] == 't')
                current->seq[i] = 'T';
            else if(current->seq[i] == 'g')
                current->seq[i] = 'G';
            else if(current->seq[i] == 'c')
                current->seq[i] = 'C';
        }

        if ( (current -> next = malloc ( sizeof(NODE) ) ) == NULL){
            fprintf(fout, "Out of memory\nCan't add more DNA sequences\n");
            return EXIT_FAILURE;
        }
        prev = current;
        current = current -> next;

    }

    free(current)
    prev->next = NULL;

    current = first;

    while(current->next != NULL){
        for( i = 0; i < 300; i++){
            if( current->seq[i] == 'A')
                if( current->seq[i+1] == 'G')
                    if( current->seq[i+2] =='T'){
                        code1[j] = 'M';
                        while(fscanf(fop, "%c", &prot)) != EOF){

                        break;
        }
        if (i == 299)
            strcpy ( current->seq, "None");

        current = current->next;
    }

    return 0;
}
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1 に答える 1

0

この関数fscanf()は、"%s" が何であるかについて時々奇妙な考えを持っているため、個々のフィールドを正しく読み取る際に問題を引き起こす傾向があります。

特にこれは行指向のファイルであるため、使用fgets()してから sscanf で文字列を解析するか、文字を 1 つずつ調べてください。あなたのコードはそれをしないので、簡略化されたバージョンは次のとおりです。

while (fgets (current->seq, sizeof (current->seq), fin))
{
    char *cp = strchr (current->seq, '\n');   // fgets usually adds \n
    if (cp)                                   // if \n present
         *cp  = '\000';                       // remove \n
    strupr (current->seq);   // make all upper case (unifies mixed case input)

    ...
}

これにより、コードの 12 行が置き換えられますが、奇妙なエラーは発生しません。

于 2011-06-02T23:57:12.997 に答える